Ως αποστολή του Μουσείου προσδιορίζεται η επαναδιαπραγμάτευση της σχέσης των κατοίκων με το παρελθόν και τα κατάλοιπά του και η ευαισθητοποίησή τους για την προστασία τους, μέσα από τη θεμελίωση μιας δυναμικής σχέσης με τις έννοιες αρχαιολογία, κληρονομιά, υλικός πολιτισμός και πολιτισμική διαχείριση. Η σχέση αυτή θα βασίζεται στις μόνιμες υποδομές του Μουσείου και θα ενισχύεται περαιτέρω από τις περιοδικές δράσεις του.
Η βασική αφήγηση της έκθεσης είναι ο θεσσαλικός χώρος διαχρονικά, η θεσμική οργάνωση των κοινωνιών και η πορεία που προηγήθηκε προς την οργάνωση αυτή. Η προσέγγιση αυτής της διαδρομής στον χρόνο και τον χώρο γίνεται μέσα από το τρίπτυχο: κράτος, θεσμοί, εξουσίες. Σε ορισμένες ενότητες αναδεικνύονται χαρακτηριστικά για την εποχή θέματα ως διακριτές υποενότητες. Οι επιλογές αυτές καθορίστηκαν από το ίδιο το αρχαιολογικό υλικό.